index.php から get_template_part( ‘loop’, ‘index’ ) で呼び出される loop.php です。もし loop-index.php が存在する場合はそちらが優先されます。

大まかな構造は

ページナビ
ループ
ページナビ

となっていて、ページナビ部分は必要なときだけ表示されます。

ループ部分の構成は

表示する内容がない場合(Not Found)
ループ開始
	ギャラリーカテゴリーの記事の場合
	アサイドカテゴリーの記事の場合
	それ以外の記事の場合
ループ終了

それぞれの場合分けは条件分岐タグが使われています。

in_category()

パラメータが _x() ってので囲まれてるのは多言語対応用なので気にしない方向で。

ループ内の記述については特に目新しいモノはないような気がします。いつものようにお好きにやっちゃってください。twentyten_posted_on() なんてのもありますが、名前の通り functions.php で定義されてる独自関数なので、これも気にしない方向で。